Bien que les Amérindiens aient déjà séjourné sur l’île, la première référence écrite qu’on retrouve semble remonter à Samuel de Champlain en 1603, qui en fait une brève description sans toutefois la nommer officiellement. On lui donne le nom de Saint-Paul en hommage à Paul de Chomedey, sieur de Maisonneuve, cofondateur de Montréal avec Jeanne Mance.
Propriété de Jean de Lauson en 1634, l’île est concédée en 1664 à trois personnes en parts égales. Le nord-est revient à Jacques Le Ber, le centre à Claude Robutel de Saint-André, sieur de Lanoue, et le sud-ouest à Jean-Baptiste Lavigne. En 1668, ce dernier cède sa partie de l’île, à Marie Le Ber, qui la remet à son frère Jacques. Les deux parts détenues par Le Ber constituent le fief Saint-Paul alors que le centre est identifié sous le nom de fief Lanoue. En 1668, la population de l’île est de 20 âmes.
En 1706, les sœurs de la Congrégation de Notre-Dame achètent une partie du fief Lanoue et Jeanne Le Ber, fille de Jacques, leur donne un certain nombre d’arpents du fief Saint-Paul. En 1769, les sœurs deviennent les seules propriétaires de l’île. Pendant longtemps, il n’y eut pas de religieuses qui vivaient en permanence sur l'île. Les travaux d'agriculture sont effectués en lien avec ceux de la ferme de la Pointe, aujourd'hui la Maison Saint-Gabriel. Les soeurs y érigent toutefois une maison en pierre en 1788 et cultivent environ le tiers de la superficie de l’île. En plus de sa fonction agricole, l’île sert aussi de lieu de repos et de récréation pour les religieuses de la Congrégation de Notre-Dame.
