À compter du moment où William Fleming utilise son moulin pour moudre le blé afin de le convertir en farine, Jean-Henri-Auguste Roux, le supérieur des Messieurs de Saint-Sulpice alors seigneur de l'île de Montréal, déclenche une bataille juridique contre le meunier. Le seigneur de l'île de Montréal est le seul détenteur du droit de banalité qui lui permet d'exploiter les moulins pour produire de la farine. Cette bataille va marquer notre histoire économique!
Les avocats du Séminaire de Saint-Sulpice de Montréal réclament la démolition du moulin et une compensation de 1000 livres pour la perte des droits de mouture. Le procès s'enclenche le 28 juin 1816 à la Cour du Banc du Roi. D'entrée de jeu, les avocats de Fleming contestent la légitimité seigneuriale des Sulpiciens, notamment dans sa revendication à l'exercice du droit de banalité. Ils arguent que les Sulpiciens ne possèdent aucune existence légale en tant que société ou corporation. Leurs seuls titres proviennent du Séminaire de Saint-Sulpice de Paris, une société qui n'a plus de juridiction au Canada.
Le 16 avril 1819, une décision du Conseil législatif ne reconnaît plus l'existence légale et les droits du Séminaire de Saint-Sulpice de Montréal. Selon les dires des avocats du Séminaire, les titres sont confirmés depuis 1677 par le roi Louis XIV, titres qui furent normalisés par le traité de Paris de 1763, légitimant l'existence de la communauté religieuse sous le Régime britannique. Le 18 avril 1821, le juge Reid de la Cour du Banc du Roi renvoie comme péremptoires les exceptions de la défense de Fleming.
Le 20 juin 1822, la Cour juge bien fondée la position du Séminaire et ordonne la démolition du moulin de Fleming, qui a fonctionné en violation du droit de banalité. Fleming doit détruire ses meules le mois suivant. Or, Fleming, soutenu par des hommes d’affaires anglophones, ne l'entend pas ainsi. Il porte le jugement en appel.
De 1822 à 1825, les huit juges de la Cour d'appel entendent la cause. Le résultat laisse perplexe, car la Cour est divisée lors du verdict, quatre sont pour Fleming et quatre pour les Sulpiciens. Ce match nul devient en fait une victoire pour Fleming, le Séminaire n'a pas de jugement contre le meunier.
En 1827, Fleming conclut une entente avec le maçon William Morrisson pour construire une maison de pierres de 50 pieds de hauteur, avec cinq étages, fondations et multiples ouvertures pour la somme de 220 livres sterling. Dans le contrat liant les deux parties, le mot windmill (moulin à vent) n'est jamais écrit. Fleming veut se faire très discret.