En 1693, un incendie détruit partiellement la Maison Saint-Gabriel. Elle est reconstruite par le même maçon, Pierre Couturier, en 1698. Elle traverse plus de trois siècles, grâce à un entretien et un soin constants. En 2018, on a commémoré le 350ᵉ anniversaire de l’achat de la maison de ferme.
L’allonge du côté ouest et une grange en pierre s’ajoutent au 19ᵉ siècle, puis une résidence pour les religieuses en 1964, devenue aujourd’hui le pavillon Catherine-Crolo. La maison de pierre est déclarée monument historique en 1965. Elle ouvre ses portes en tant que musée en 1966. C’est en 1992 que le ministère de la Culture et des Communications déclare officiellement le site comme étant historique, ce qui en fait un lieu unique et privilégié de sensibilisation à l’histoire et au patrimoine québécois à partir du Régime français. Depuis 2007, la Maison Saint-Gabriel est également reconnue comme Lieu historique national du Canada.